Die "Innereien" einer Ratte sind denen des Menschen sehr ähnlich. Sie verfügen z.B. ebenso über Nieren, Leber und sogar über einen Blinddarm. Der Magen der Ratte ist ziemlich stabil und verträgt die unterschiedlichsten Nahrungsbestandteile der Natur meist unbeschadet. Bei den als Haustier gehaltenen Farbratten gibt es dennoch Fälle von Durchfall und Verstopfung bei falscher Ernährung.
Eine weitere Besonderheit gibt es im Magen. Durch eine Falte zwischen Speiseröhre und Magen ist es Ratten nicht möglich sich zu übergeben, sie können auch nicht rülpsen und kennen auch kein Sodbrennen. Im schlimmsten Fall können sie höchstens etwas aus der Speiseröhre hochwürgen, oder - was deutlich schlimmer ist - schleim aus der Lunge hervorwürgen.
Die Lunge der Farbratte gehört zu den empfindlichsten inneren Organen. Atemwegsinfekte, die nicht rechtzeitig behandelt wurden schlagen oft auf die Lunge. Lungenentzündungen können bei Ratten tödlich ausgehen.
